Em maio de 2002, a Unicamp produziu o Relatório Final de Avaliação do Sistema Informatizado de Eleições do TSE com o escopo de detectar a existência de eventuais vulnerabilidades que pudessem comprometer os requisitos fundamentais de um sistema eletrônico de eleições, ou seja, o sigilo do voto e o respeito à expressão do voto do eleitor. A conclusão da comissão de avaliação dos peritos da Unicamp foi que o sistema eletrônico de votação implantado no Brasil é um sistema robusto, seguro e confiável, atendendo a todas as exigências do sistema eleitoral brasileiro.

Todos os programas de computador utilizados na urna eletrônica para os processos de votação, apuração e totalização têm suas fases de especificação e desenvolvimento acompanhadas por especialistas indicados pelos partidos políticos, OAB e Ministério Público Eleitoral.

Após a sua conclusão, os programas são apresentados, para análise, aos representantes  dos partidos políticos e coligações na forma de programas-fonte e de programas executáveis, sendo que as chaves eletrônicas privadas e senhas eletrônicas de acesso são mantidas sob sigilo na sede do TSE. Após a apresentação e conferência, são lacradas  cópias dos programas-fonte e dos programas compilados.

A cerimônia de carga ou preparação das urnas é feita em sessão pública, com prévia convocação dos fiscais dos partidos e coligações, para fiscalizarem e verificarem se os programas carregados nas urnas são idênticos aos que foram lacrados no TSE.

Em 2009 e 2012, o TSE promoveu testes públicos de segurança das urnas para dar mais transparência ao sistema eletrônico de votação e demonstrar a confiabilidade da urna. Os investigadores que participam desses eventos são especialistas em Tecnologia e Segurança da Informação, os quais executam diversos planos de “ataque” aos componentes internos e externos da urna eletrônica. Em todos os testes públicos realizados, nenhum dos especialistas (crackers e hackers) conseguiu violar a segurança do sistema.

No dia da eleição, é realizada, por amostragem, auditoria de verificação do funcionamento das urnas eletrônicas, mediante mecanismo de votação paralela, na presença dos fiscais dos partidos e coligações,

O processo eletrônico de votação possui mecanismos imprescindíveis para assegurar sua segurança: a assinatura digital e o resumo digital. Em outras palavras: a urna eletrônica dispõe de recursos que, mediante assinatura digital, permitem o registro digital de cada voto e a identificação da urna em que foi registrado, resguardado o anonimato do eleitor.

Ao final da eleição, a urna eletrônica procede à assinatura digital do arquivo de votos, com aplicação do registro de horário e do arquivo do boletim de urna, de maneira a impedir a substituição de votos e a alteração dos registros do início e término da votação.

Ademais, cabe ressaltar que as urnas eletrônicas não são conectadas em rede (como a internet), mas de forma isolada, ligadas tão-somente à tomada de energia elétrica. Desse modo, não existe qualquer possibilidade de se introduzir algum programa na urna visando a fraudar o processo de votação e totalização dos resultados.

Aos partidos políticos e coligações, à OAB e ao Ministério Público Eleitoral é garantido amplo direito de fiscalização dos trabalhos de transmissão e totalização de dados. Os partidos políticos e coligações concorrentes ao pleito podem constituir sistema próprio de fiscalização, apuração e totalização dos resultados, contratando, inclusive, empresas de auditoria de sistemas que, credenciadas perante a Justiça Eleitoral, recebem os dados alimentadores do Sistema de Totalização.

Após a conclusão dos trabalhos de totalização e transmissão dos arquivos das urnas, os partidos políticos e coligações poderão solicitar aos Tribunais Eleitorais cópias desses arquivos, dos espelhos de boletins de urna, dos arquivos de log referentes ao sistema de totalização e dos registros digitais dos votos.

Por derradeiro, cumpre alertar que a confiabilidade do sistema eletrônico de votação  depende precipuamente da fiscalização e controle sobre todas as etapas do seu processamento, tarefa de responsabilidade da sociedade civil, por meio dos partidos políticos, dos fiscais, dos mesários e dos próprios eleitores.